Selama tahun 1946-1950 di Kalimantan Barat urusan agama belum dikelola oleh Jawatan/Koordinator Urusan Agama. Baru pada tahun 1951, di Kalimantan Barat Urusan Agama dikelola oleh Koordinator Urusan Agama dan Koordinator Penerangan Agama. Kegiatannya meliputi Urusan Agama Islam, Katholik dan Kristen Protestan. Kepala Koordinator Urusan Agama adalah H. M. Akib (1950-1957), sedangkan Kepala Koordinator Penerangan Agama adalah A. Mawardi Djafar (1950-1957).

Dengan perubahan status Kalimantan Barat dari karesidenan menjadi provinsi pada tahun 1957, Kantor Agama di Pontianak yang semula menjadi bagian Jawatan Agama di Banjarmasin (1950-1957) secara bertahap dibentuk kantor tersendiri di Pontianak. Kantor-kantor itu, bernama Kantor Urusan Agama, Kantor Penerangan Agama, Kantor Pendidikan Agama, Bagian Urusan Agama Katholik dan Bagian Urusan Agama Kristen Protestan. Masing-masing kantor berdiri sendiri dan berinduk ke Kementerian Agama di Jakarta.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama pada Tahun 1971, maka di Kalimantan barat dibentuk Kantor Perwakilan Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat. Dengan demikian masing-masing Jawatan/ Urusan Agama yang selama ini berdiri sendiri, bergabung menjadi satu dalam Koordinasi Kantor Perwakilan Kementerian Agama Provinsi Ka-limantan Barat.

Dengan terbentuknya Kantor Perwakilan Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat, maka di Daerah Tingkat II se Kalimantan Barat dibentuk Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten/Setingkat. Pada tahun 1975 sesuai dengan Keputusan Menteri Agama, Kantor Perwakilan Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat berubah menjadi Kantor Wilayah Kementerian Agama, dan Kantor Perwakilan di Kabupaten pun berubah menjadi Kantor Kementerian Agama Kabupaten.

Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 13 Tahun 2012, Susunan Organisasi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat terdiri atas:

  1. Bagian Tata Usaha;
  2. Bidang Pendidikan Madrasah;
  3. Bidang Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam;
  4. Bidang Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
  5. Bidang Urusan Agama Islam dan Pembinaan Syariah;
  6. Bidang Penerangan Agama Islam, Zakat, dan Wakaf;
  7. Pembimbing Masyarakat Kristen;
  8. Pembimbing Masyarakat Katolik;
  9. Pembimbing Masyarakat Hindu;
  10. Pembimbing Masyarakat Buddha; dan
  11. Kelompok Jabatan Fungsional.

Selain organisasi sebagaimana dimaksud, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat membawahi Kantor Kementerian Agama:

  1. Kabupaten Kapuas Hulu;
  2. Kota Pontianak;
  3. Kabupaten Sambas;
  4. Kabupaten Sanggau;
  5. Kabupaten Sintang;
  6. Kabupaten Pontianak;
  7. Kabupaten Ketapang;
  8. Kabupaten Landak;
  9. Kabupaten Sekadau;
  10. Kabupaten Bengkayang;
  11. Kabupaten Kubu Raya;
  12. Kabupaten Kayong Utara;
  13. Kabupaten Melawi;dan
  14. Kota Singkawang.